Fallout Shelter Onlineの序盤では、キャップが余ります。ただ、ある程度、復興レベルが上がってくると、逆にキャップが足りなくなりますので、無理に使う必要はありません。
また、復興レベルが上がれば、キャップの生産量は上がっていきます。ですので、ちまちま少ないキャップを効率的に使うことを考えるよりも、どんどんストーリーを進めた方が、圧倒的にゲーム攻略の効率は良いです。
どれほどキャップを効率的に集めようとも、無課金でプレイしているのであればキャップがどんどん足りなくなります。ですので、効率的にキャップを集めるというよりも、キャップを効率的に使うことの方が重要になります。
キャップの優先的な使い方としては、やはりキャラクターの強化です。
無課金進める場合には、キャラクターを厳選して強化することをおすすめします。
参考:チーム編成は2アタッカーがおすすめ Fallout Shelter Online無課金攻略 | ゲーム攻略 ネルログ
強化が分散すると、ストーリーの進行も遅くなりますし、トリニティタワー攻略やコンバットゾーンのランキングにも影響があります。