個人的にプレイした感じでは、バトルモードでモノクマメダルを集めやすいのはボス戦でした。
ボスは10階層ごとに出てくるのですが、モノクマメダルのドロップ率は、そこまで階層に影響していない印象。
なので、最初は階層10のボス戦でモノクマメダルを集めるのがおすすめです。
ある程度、キャラクターが強くなり、階層を進められたら、次の10階層にいるボスに移行します。
というのも、メダル以外のアイテムをゲットするため。
基本的にバトルモードでは、装備品の影響がかなり大きいので、できるかぎり早く強い装備品を作りたいためです。