個人的にシステムで変更しておいた方が良いかなと思った項目は、
- オートダッシュ
- ステージ開始時ポーズ
です。

オートダッシュ
オートダッシュは、フィールド探索の際にボタンを押さなくてもダッシュする機能。
PS版の場合は◯ボタンを押せばダッシュできますが、それがめんどくさいならオンにしておくことをおすすめします。
ちなみにオートダッシュをオンにすると、◯ボタンを押した時に歩くようになるので、歩くことができなくなるわけではありません。
ステージ開始時ポーズ
本作はリアルタイムストラテジーで、ステージが開始すると自動的に時間が流れるようになっています。
もちろんすぐにポーズをかければ良いのですが、ステージ開始直後は基本的にすぐに部隊出撃をするので、そのひと手間を省略できるというわけです。
地味ですが、最初に慌てることもなくなるので、設定でオンにすることをおすすめします。